La Zone Atelier Alpes compte actuellement quatre espaces protégés parmi ses territoires partenaires. Ces espaces protégés ne sont pas seulement des territoires d’accueil pour la recherche. Les services scientifiques de ces parcs co-construisent les problématiques scientifiques et co-définissent les protocoles avec les chercheurs des laboratoires de la ZAA. Ce partenariat très étroit est une forte originalité de la Zone Atelier Alpes au sein du réseau des ZAs.